כותנה אורגנית גדלה בישראל מזה עשור שנים. גידול הכותנה האורגנית מתרכז בעיקר באזור הגלבוע, אך גם במערב עמק יזרעאל, בגליל העליון ובגליל התחתון. מידי שנה מגדלים כ-2000-2500 דונם. בעבר נערכו נסיונות לגדל כותנה כזאת גם באזור דרום הארץ, אך ללא הצלחה כלכלית.

בכותנה אורגנית מזני האקלה הצליחו המגדלים האורגניים להגיע ליבולים דומים לאלה שמקבלים באותו אזור בכותנה קונבנציונלית, בעלויות גידול דומות.

לפני מספר שנים התקבלה, ממערכות הפיקוח הבינלאומיות, הנחייה כי אין לשלך את עלי הכותנה כמקובל, לפני הקטיף. הוראה זו חייבה את המגדלים לנקוט במהלכים אגרוטכניים מתוחכמים כדי להגיע לסוף העונה עם יבולים גבוהים ושדות מוכנים לקטיף בקטפות כותנה. תוך זמן קצר הצליחו המגדלים, בעזרת בקרת גידול ודיוק במנות מים, להגיע לתוצאות טובות- יבול גבוה ואיכויות סיבים גבוהות.

כותנה אורגנית הינה מוצר מבוקש בשוק העולמי והצריכה הולכת ועולה ועימה המחירים שאפשר לגבות בשוק.

למעשה מתחלקת הצריכה של כותנה אורגנית לשתי קבוצות צרכנים:
האחת – צרכני מוצרים אורגניים טהורים, בעיקר באירופה, בארה"ב וביפן - מקומות בהם קיימת מודעות גבוהה לנושא בריאות הציבור והסביבה, ובמקביל,  קיימים האמצעים הפיננסיים לממש מודעות זו. צרכנים אלו משתמשים בטקסטילים אורגניים, שבהם כל תהליכי הייצור, כולל צביעה ואשפרה, נעשים תחת כללים ופיקוח אורגני. אלה גם דורשים פיקוח מוכר ומתמיד על גידול הכותנה בשדה. צרכנים אלו יודעים כי הם נדרשים לשלם מחיר גבוה יותר על המוצרים, כזה שישקף את תוספת ההוצאות בכל תהליכי הייצור.

השניה היא "צרכני המצפון" – אלה הם יצרני טקסטילים החשופים לביקורת קשה על העסקת עובדים מבוגרים ובני נוער בתנאים מחפירים, בעיקר במזרח הרחוק. אלה, כדי לנקות את מצפונם החליטו לכלול כותנה אורגנית בבגדים שהם מייצרים. בד"כ מדובר על 3-5% של כותנה אורגנית באריג. הרעיון הוא להראות כי הם תומכים בחקלאות ידידותית לסביבה אי  שם באפריקה, או בארצות "עולם שלישי" אחרות. אלה גם מקפידים פחות על איכות הפיקוח האורגני ומוכנים לשלם רק תוספת זעומה ביחס למחיר הכותנה הרגילה בשוק.

הכותנה האורגנית הגדלה בישראל, ידועה כעומדת בקריטריונים המחמירים ביותר, ולכן נצרכת ע"י הקבוצה הראשונה, ומכאן המחיר הגבוה ביחס לכותנה הקונבנציונלית. 

לאחרונה נוצר ביקוש בשוק לכותנה ארוכת סיב –פימה– אורגנית. למעשה זה מוצר שכמעט אינו קיים. בעונת 2006 גידלו באזור הגלבוע כ-150 דונם של פימה אורגנית מול חוזה עם לקוח באירופה. החלקות הגיעו ליבול גבוה, כ-155 ק"ג סיבים לדונם. במכפלת היבול והמחיר שהתקבל קיבלו המגדלים תמורה יפה מאד. לאור הצלחה זאת מתכוננים לגדל  כ-1500 דונם פימה אורגנית בעונת 2007, זאת מול חוזה במחיר גבוה.

לאור התפתחות זו נראה לנו שיש מקום לבדוק הרחבת שטחי הכותנה ארוכת הסיב האורגנית גם לאזורים נוספים כולל כאלה שבעבר לא הצליחו כלכלית בגידול כותנה אורגנית.