מחלות נבילה בכותנה שהן גם מחלות שוכנות קרקע כוללות את מחלת הפוזריום, מחלת הדוררת ומחלה הנגרמת ע"י הפטריה מקרופומינה. מחלות אלה עלולות להוות בעייה חמורה בכותנה. 
הפטריות שוכנות קרקע ולכן הן עלולות לעבור משדה לשדה בחלקיקי קרקע בכלי עיבוד וכו'. הפטריות שורדות בשיירי חומר אורגני ובשורשי עשבים.