ממשק הדברת העשבים בכותנה שמרני למדי ומבוסס על טיפולי קדם זריעה וטיפולי אחר זריעה. מרבית החלקות הנזרעות בכותנה נשארות חשופות במהלך החורף (להבדיל מחלקות דו-גידול) ונשמרות נקיות מעשבים באמצעות קילטורים ו/או קוטלי עשבים. עד לאחרונה לא היתה התייחסות לממשק משמר קרקע ומים לפני ובזמן גידול כותנה.
בשנת 2015-2016 הצבנו ניסוי ראשוני בחלקת כותנה עם שיפועי קרקע בצרעה שבה זרענו חיטה כגידול כיסוי (ג"כ) בסתיו לפני זריעת הכותנה באביב, וישמרו על הקרקע במהלך החורף תוך מניעת סחף ומניעת נגר. בסוף חודש פברואר סיימנו את התפתחות גה"כ כדי שיפסיק לצרוך מים. הטיפולים הראשיים בניסוי היו: 1. זרוע בגידול כיסוי חיטה 2. ביקורת ללא גידול כיסוי. בתוך טיפול גידולי הכיסוי היו 2 טיפולי משנה: א) ריסוס אנווק סטייפל בלאחר התבססות הכותנה ב) ללא ריסוס. בשלב זה שאריות גה"כ שימשו כחיפוי על הערוגה והמשיכו לשפר את חידור המים ושימור הקרקע מסחף. בראשית האביב נזרעה כותנה אל תוך גידול הכיסוי שהומת על ידי גלייפוסט סמוך לזריעה. במהלך גה"כ וגידול הכותנה נבדקו השיבוש בעשבים, ההתפתחות והביומסה של גה"כ, לחות הקרקע (0-15 ס"מ עמק), ונערך מעקב אחר גידול הכותנה ורמת השיבוש בעשבים רעים בטיפולים השונים. הניסוי השנה הוכיח כי שהשימוש בג"כ לפני גידול כותנה יכול להביא להפחתה בשימוש בקוטלי עשבים, לשיפור משק המים בקרקע ולשימורה מפני סחף ללא הפחתה ביבולים.