בגידולים רבים יש לזני מכלוא יתרונות ברורים בגידול, ביבול ו\או במרכיבי האיכות. יתרון כלכלי למגדל ויכולת של המטפח להגן על זכיותיו. 
ניתן לבצע הכלאות תוך או בין מיניות. זנים שמקורם בהכלאות בין מיניות פימה – אקלה שטופחו ע"י יחיאל טל מחברת הזרע נבחנות בשנים האחרונות הן במסגרת מבחני הזנים הארציים (יונתן ספנסר , יגאל פלש – סיכומי מחקרים בכותנה) והן בניסיונות חצי מסחריים במשקים שונים, בד"כ התקבלו תוצאות שלא הצדיקו כניסה לגידול ושיווק מסחרי. הזן אקלפי (שילוב של המילים אקלה ופימה) הוא זן ותיק שבבחינתו בארץ הופסקה עקב בעיות בניפוט הגלילי. לאחר שהזן הצליח בקליפורניה (גידול וניפוט גלילי) הוא הוחזר לתצפיות מסחריות בארץ.