מחלת החלפת נגרמת ע"י הפטריה אלטרנריה מקרוספורה Alternaria macrospora מחלה זו תוקפת כותנה מקבוצת זני הפימה בלבד. המחלה פוגעת בשטח המטמיע – עלים, פטוטרות, הלקטים וענפים צעירים. המחלה גורמת לנשירת עלים מוקדמת ולפגיעה כמותית ביבול. המחלה עוברת מעונה לעונה ע"ג שאריות צמח. לצורך ההתמודדות עם פגיעת מחלת החלפת ניתן להשתמש בחומרי הדברה פרוטקטנטים המצפים את פני העלה ומונעים את חדירת הנבג הנובט לתוך העלה או בחומרים סיסטמים החודרים לתוך העלה ופוגעים בנבג כאשר הוא חדר לתוך העלה. בכל מקרה לא ניתן לרפא את המחלה אלא רק לעכב את התפתחותה. המחלה מאופיינת בכתם עם מרכז בהיר ושולים כהים, הטיפול במחלה מתבצע לאחר זיהוי הכתמים הראשונים שמופעים 10-14 יום לאחר שהמחלה פרצה למעשה