הכותנה בישראל נקטפת בקטיף מכני. כדי להגיע לאיכויות גבוהות, נחוץ לפני הקטיף למזער את כלל הגופים הזרים, מלבד הסיבים והגרעינים. בגידול הכותנה האורגנית, ההתמודדות עם עשבים ועלים, קשה יותר מבגידול הקונונציונלי.