מחלות המועברות בקרקע עשויות להיגרם כתוצאה מכמה פתוגנים המשפעים זה על זה ועלהצמח. אכן, במקרים רבים מבודדים משורשי צמחים חולים ושאינם חולים מספר פטריות החשודות כגורמי מחלה. הפטרייה Harpophora maydis גורמת למחלת נבילה קשה בזני תירס רגישים ומאופיינת בהתייבשות הצמח הבוגר כתוצאה מחסימת רקמות ההובלה על ידי הפטרייה. בדומה לכך, פטריית הקרקע Macrophomina phaseolina מפתחת תפטיר וגופי ריבוי בצינורות ההובלה של מגוון פונדקאים, ואלו מביאים להתייבשות הצמח ונבילתו. צמחי כותנה מהזן פימה רגישים במיוחד למחלה זו. המצאות שני הפתוגנים יחד בצמחי כותנה חולים, באזור יבנה ב- 2017 , העלתה את האפשרות לקשר ביניהם.

ההלקטית הוורודה (הזחל הורוד) הינה מזיק מפתח בשדות הכותנה בארץ. מזה שנים רבות כל חלקות הכותנה בארץ מטפלות במזיק בשיטת "בלבול הזכרים", שיטת הדברה ידידותית לסביבה שהובילה לירידה משמעותית בשימוש בחומרי הדברה כנגד המזיק. עם זאת, בשנים האחרונות חלה עלייה משמעותית בגודל האוכלוסייה של המזיק והנזק שנגרם להלקטים. נבדקה השאלה אם חל שינוי בהרכב הפרומון של הנקבות. שינוי בהרכב הפרומון יכול להסביר את העלייה במספר ההזדווגויות וכתוצאה מכך את העלייה בגודל האוכלוסייה. הרכב הפרומון נבדק בנקבות שנאספו משלושה שדות כותנה שבהם התפרצה אוכלוסיית המזיק והושווה לפרומון של נקבות שגדלו במעבדה של רמי הורוביץ ולא נחשפו לפרומון סינטטי. לא נמצא הבדל מובהק בכמות הפרומון בבלוטות של הנקבות ממקורות השונים אבל נמצא הבדל מובהק ביחס שבין מרכיבי הפרומון בנקבות שנאספו בהחלקות כותנה שטופלו ב-100 חוטים לדונם (עין שמר ונחשון) לבין הפרומון בנקבות הביקורת. לא נמצא הבדל מובהק ביחס שבין מרכיבי הפרומון של נקבות שנאספו מחלקת כותנה בה הוצבו הנדיפיות באיחור ובמינון של 50 חוטים לדונם בלבד לבין היחס שבין מרכיבי הפרומון בביקורת או זה של נקבות שנאספו בחלקות שטופלו ב- 100 חוטים לדונם. ניתן להסיק, באופן ראשוני, שאכן יש שינוי במרכיבי הפרומון של נקבות שנאספו מחלקות כותנה מבולבלות באופן מסורתי ולאורך זמן.